किसान संगठनों की ओर से चार घंटे तक रेल रोको आंदोलन के चलते अमृतसर आने तथा वहां से जाने वाली कई ट्रेनें प्रभावित हुई। ब्रांच लाइनों पर ट्रेनों को रद्द किया गया तो अमृतसर-जालंधर मेन लाइन की कई ट्रेनों को जंडियाला, ब्यास, जालंधर तथा लुधियाना रेलवे स्टेशनों पर ही टर्मिनेट करके वहां से वापस लौटा दिया गया। कई ट्रेनों की रवानगी कई घंटे देरी से हुई, जिससे सैकड़ों यात्रियों को खासी परेशानी हुई। जानकारी के अनुसार वेरका से पठानकोट तथा वेरका से डेरा बाबा नानक जाने वाली डीएमयू ट्रेनों को रद्द कर दिया गया, जबकि हिसार एक्सप्रेस को अमृतसर-जालंधर के बीच रद्द किया गया।
इसी तरह अजमेर-अमृतसर एक्सप्रेस, शान-ए-पंजाब को लुधियाना में ही टर्मिनेट करके वहीं से वापस रवाना किया गया। अमृतसर-चंडीगढ़ एक्सप्रेस को ब्यास से ही वापस चलाया गया। छेहरटा से लुधियाना के लिए जाने वाली ईएमयू को जंडियाला से चलाया गया। एक अन्य जानकारी के अनुसार अमृतसर से नई दिल्ली जाने वाली शताब्दी एक्सप्रेस को रात्रि 8 बजे चलाने की सूचना थी, जबकि अमृतसर-गोरखपुर एक्सप्रेस को सायं 4 बजे, अमृतसर-जयनगर एक्सप्रेस को सायं 4.15 बजे, अमृतसर-कोलकाता एक्सप्रेस को 4.30 बजे तथा अमृतसर-नंगलडैम एक्सप्रेस को सायं 4.45 बजे चलाया गया।